一天夜晚，一个衰弱的老人驾驶一条小帆船靠了岸。他摇摇晃晃走进小屋，就倒在木床上。原来，他就是伊沃失踪多年的父亲。父亲告诉前来看望他的渔民说，多年来，他为了能攒够丢失的那笔钱，一直在外干重活，但到现在还不能如愿以偿。他买了条名叫“蓝鸥”号的小船捕鱼，但病魔毁了他的健康，他只能驾着“蓝鸥”号回来，请大家原谅。父亲来不及向伊沃说些什么就死了。好心的渔民们给他下葬，把码头上的“蓝鸥”号交给了伊沃。
小伊沃有六个好朋友：米莱娃、佩特雷、尤列、米埃伊尔、佩罗、弗拉尼奥，他们决定修补好“蓝鸥”号出海捕鱼。伊沃被选为船长。他们刮掉模糊的旧漆，堵塞船缝，用马口铁包好旧的舵舱，紧固绞盘，织补渔网。但如果要把“蓝鸥”号刷新，还得花不少钱。孩子们就到采石场帮忙，挣钱买油漆。
一天，采石场塌方，一块巨石悬在干活的人们头上，谁都不敢待在它下面。工头拿出100块钱喊道：“谁去炸掉它，就奖给谁！”
谁也没动。生命远比100块钱宝贵呀！但是，伊沃的声音响了起来：“我去！”
“工人们见小男孩也想干这件大事，都笑了起来。伊沃可没笑，他接过五个甘油炸药管和导火索，灵巧地爬到山崖凸出的部分，把炸药装进石缝里。
一声巨响过后，危险的巨石不存在了，伊沃被气浪掀了个跟斗，脸也划破了。但他终于挣够了刷新“蓝鸥”号的钱，他成了小船员们心目中的英雄。
“蓝鸥”号被漆刷一新，桅杆顶上还栓上一面蓝色的旗帜。但是，一天早晨，大家发现它被用铁链锁了起来。原来，有些渔民还在为早年丢失的钱不平，想卖掉“蓝鸥”号，均分卖得的钱。
这天夜里，孩子们悄悄靠近锁住的“蓝鸥”号，锯开了铁链，除了米莱娃，六个孩子都上了船。他们安装桅杆，配上帆，打了满满一桶淡水，各人还从家里带来了面粉、面包、肉、奶酪这些能填饱肚子的东西。伊沃还把信号灯、斧头、刀子也带上船。准备妥当，他们摸黑扯起帆，风很快吹鼓帆，把“蓝鸥”号推向了大海。
“蓝鸥”号在大海上顺利地航行了半夜，黎明前，风越刮越大，竟一下子扯断了船头上的三角帆，把它卷进海里。伊沃拼命掌稳舵，但不久霹雷和闪电就包围了他们，巨浪又抓住小船戏耍，把它抛掷得高高的，在空中飞行，又“轰隆”一声摔下来。伊沃始终睁大着眼睛，在小船第四次被巨浪卷得飞起来时，他看见尤列和佩罗被颠翻出去，海浪一卷，他们就不见了。他正想大声喊叫，又一个巨浪打来，小船倾斜着朝上飞，他和另外三个孩子也被抛了出来。
几分钟后，伊沃醒了过来，发现自己幸运地被海浪冲到一个多石的小岛边。他爬起来，叫上佩特雷，把还没醒过来的米埃伊尔和弗拉尼奥拖到安全地带，又急忙走近被冲上岸的“蓝鸥”号，把能拿的东西都搬上小岛。
太阳终于出来了。四个孩子开始寻找被海浪卷走的尤列和佩罗，但哪儿也不见他们的踪影。孩子们忍住悲痛，准备把搁浅的“蓝鸥”号重新推进海里。这时，他们发现峡谷里有个山洞，山洞里堆着一箱箱茶叶、咖啡、烟草、英国糖酒、丝绸，甚至还有甘油炸药和猎枪。
伊沃拿了些甘油炸药，仔细看了看说：“这里肯定是走私犯的秘密仓库，咱们用这些炸药，把挡住‘蓝鸥’号，的岩石炸掉，开进峡谷，把箱子装上船，运到城里去交给政府！”他的话受到三个伙伴的支持，大家一直干到天黑。
半夜时分，伊沃突然听见轻微的马达声，他悄悄叫醒三个伙伴，大家手握石块，紧张地伏在岩石后面。不一会儿，马达关闭了，一条汽船停在山洞口，有四个人乘着舶板，划着桨小心穿过暗礁，把一些箱子运进山洞。他们没有发觉孩子们已来过，不一会儿，汽船又开走了。
第二天，孩子们先在“蓝鸥”号附近用沙子堆了一个小丘，免得它在爆炸时彼掀翻，然后，伊沃点燃浸上油的绳子，眨眼间，轰隆一声，炸药把岩石炸成碎片，“蓝鸥”号终于又被推进海水里。
小船在中午时分驶进峡谷，孩子们正准备装上箱子，负责放哨的米埃伊尔紧张地跑来，喊道：“不好了，有艘双桅帆船开来了！”
原来，有条名叫“流星”号的汽船靠近小岛了。船上的四个走私犯都站在甲板上，他们也发现了“蓝鸥”号，立即用枪对准了小船。
一个脸带伤疤的人看清小船上都是孩子，得意地说：“他们和那两个捞上来的孩子是一伙的，快，逮住他们！”
手无寸铁的四个孩子马上被他们抓住了。
伤疤脸问：“你们鼻涕未干，到小岛上来做什么？”
伊沃知道他们是走私犯，就故意地说：“我们是被暴风雨冲上岛的，想找些淡水，不料发现了这个峡谷，我想这里大概是海军的仓库。”
伤疤脸和同伙们交换了一下眼色，立即把孩子们推进大船。刚进船舱，伊沃就一眼看见了尤列和佩罗，他又惊奇又高兴。原来，他俩彼海浪抛出“蓝鸥”号后，抱住桅杆的碎片飘了半夜，天亮时才被“流星”号救了起来。
这时，走私犯们正在商量如何处置六个孩子。伤疤脸是头头，叫洛伦佐，没留胡须的叫安捷。洛伦佐说：“把他们沉到海底去！”
安捷说：“杀两个还不够，还想杀六个？别当恶魔吧！”
洛伦佐怒冲冲地说：“不要再提那两个！谁发现咱们的仓库，谁就必须死！那小家伙在骗我们！他知道这是我们的仓库！”
安捷不作声了，洛伦佐和另外两个走私犯乘上舶板去运货，吩咐安捷看住孩子和船。
伊沃听见三个人离开了“流星”号，估计他们要过一会儿才能回来，就悄悄告诉大家一个夺船计划。不一会儿，伊沃和米埃伊尔各拿一根木棍，踩着佩特雷的背，爬上舱口。
舵手安捷没听见动静，枪搁在桅杆旁，望远镜也扔在一边。伊沃爬到甲板上，向他猛击一棍，安捷应声倒下。孩子们立即冲上甲板，捆住他的手脚。
伊沃狠命拉动引擎绳，把马达发动了起来。
三个走私犯听见机器的突突声，喊叫着从山洞里跑出来，只见伊沃和米埃伊尔在’‘流星”号的船舷上向他们挥着手。洛伦佐气坏了，抓起枪连连射击，但子弹从枪口飞出来，什么也打不中。小舶板装满了货物，想追也追不上。洛伦佐气得一屁股坐下去，溅得一身是水。
孩子们把打昏过去的安捷抬到舱里，放上床，还给他敷上一块湿布，想尽量让他早点恢复知觉。但他竟像死了一般，一直不醒。
伊沃操纵着舵，让船在海上行驶了半天，直到傍晚，汽油用完，马达不响了，只好让汽船随波浪漂流。他们并不知道自己的家乡海鸥岛在西北部，船向正北行驶了这么长时间，比原来离家更远了。
他们在船舱里找到些精美的食品，吃完后又去看俘虏安捷。安捷在发着高烧，嘴里重复地说着：“不要杀死孩子……六个孩子，不能伤害他们！”
伊沃对同伴们说：“这个人看上去有点良心，咱们要救活他。”
半夜里，安捷的高烧终于退掉了。米埃伊尔给他拿了杯葡萄酒，他也弄清自己当了孩子们的俘虏，但一点也不想反抗。
第二天，孩子们发现汽船漂流在完全陌生的海上，不知道往哪儿去才好。他们决定和俘虏商量一下，让他来当舵手。伊沃用勺子给他喂热茶，但一直开不了口。
安捷的眼睛里闪着忧郁的光，他问：“你们想把我怎么办？”
伊沃说，“到达第一个码头，我们把你和载着货物的船一起交给政府！”
安捷好奇地看了看眼前这个无畏的毛孩子，沉默了一会儿，说：“你们为什么乘坐一条破旧的小船出海？想当鲁滨逊吗？”
伊沃把自己父亲的事告诉他，还讲了他们如何成为“蓝鸥”号的主人，又讲了海上发生的事，他说：“将来，我们一定会有条大船，驾驶着它去捕鱼，把渔民都吸引过来，赚到钱大家平分，我父亲早就这样想了。”
听到这里，安捷胸中迸发出一声痛苦的呻吟，他把捆缚着的双手伸出来，说：“解开我！”
伊沃见他脸上充满善意，就毅然拔出刀子，割断他手上的绳索。他们俩走上甲板，把别的孩子吓了一跳。但看到伊沃十分平静，大家这才安静下来。
安捷对孩子们说：“我年轻时，曾是个真正的船长，穿着一身漂亮的天蓝色制服，金色的肩章，配有金圈的制帽。但是，后来我被酒和纸牌毁掉了，我结交上你们见到的那几个人，想靠走私发财。几年前，我们在一个港口碰到一个渔民，他带着一大笔钱说要买渔船，我们几个人起了坏心，在他酒杯里放进麻醉剂，偷走他的钱，买了这条‘流星’号。不用说，那个渔民就是伊沃的父亲了。后来我跟着洛伦佐又干了些坏事，从此，我永远失去了内心的平静。现在，你们是该把我交给政府了！”
伊沃静静地听安捷说着，起初他为父亲的悲惨遭遇憎恶他，后来又为他的良心发现高兴。最后，他站起来，抓住安捷的手说：“重新做人，和我们一起干吧！”
安捷走近船舷，注视着大海说：“‘流星’号是用你们父母的钱买的，应该属于你们。我发誓永远和你们在一起，实现伊沃父亲的愿望！”
孩子们欢呼起来，围住了这个新朋友。
安捷决心和过去永远决裂。他驾驶着由“流星”号改成的“蓝鸥”号，向孩子们的家乡驶去。他教大家看海图，教他们逆风行驶，教他们利用指南针和六分仪辨别风向，还教他们保养和修理马达。在一个不知名的港口，他们加足油，还买了一张曳网，安捷讲解如何从海底慢拉曳网，还画出鱼群聚集的各种海域。有一天，伊沃亲手开动绞车，一下子打上来五百多公斤鱼。
圣诞节的前几天，新的“蓝鸥”号即将回到故乡。不料，海面上出现了一条刷有“洛伦佐”号字样的小船。
安捷大声说：“那是洛伦佐的海盗船！全速前进！”
伊沃点点头，刚拨正方向盘，就听见啪的一声枪响，回头一看，只见安捷两手一挥，倒在血泊之中。
“蓝鸥”号越开越快，把没有马达的海盗船抛在后面。伊沃让米埃伊尔掌舵，急忙去看望安捷。这时，安捷已经不行了，他掏出一封信说：“把……这封信……交给政府。”
安捷死了。孩子们决定按照海员的仪式安葬他，把他的遗体放到一块木板上，慢慢地投进波浪起伏的大海里。
孩子们含着热泪，全速向故乡驶去。但是，半夜里刮起了风暴，燃料又用完了，风暴中不能使用篷帆，眼看着风暴又把“蓝鸥”号刮离故乡的海岸，越漂越远，孩子们急得双脚直跳，但什么办法也没有啊。
突然，伊沃从舱里抱出一个小箱子，喊道：“这里是照明信号弹，放！”
一刹那，照明信号弹高窜云端，喷发出无数小火星，划出一道耀眼的长虹。发射了几颗信号弹后，孩子们看见一艘驱逐舰迎面开来。驱逐舰亮着探照灯，用抛绳器抛来一根大缆绳，系住“蓝鸥”号的桅杆。水兵们又通过缆绳把一桶燃料送过来。机器添上油，“蓝鸥”号开动起来。
到达附近的港口后，孩子们抛下锚，钻进温暖的被子睡着了。第二天，岛上的检察官命令孩子们上岸检查，正当检查完毕，孩子们准备回船时，原来静静地停泊着的“蓝鸥”号却扬起全部船帆，快速驶向公海。
原来，洛伦佐一直驾着小船跟踪“蓝鸥”号，他们见孩子们上了岸，就带着同伙溜上船，马上把它开走了。
孩子们急得没法想，伊沃突然记起安捷有封信要交给政府，就从贴胸的口袋里拿出来，给检察官看。原来，信里揭露了洛伦佐走私匪帮的罪行，还提供了他们活动的规律。
检察官很高兴，他们追踪这伙匪帮有三年了。他立即用无线电话通知海港保卫部所有的岗哨，只要一得到“蓝鸥”号的消息，立即派出驱逐舰去捉住洛伦佐。
不久，孩子们都被安全送回故乡。米莱娃欢呼着扑向伙伴们，惊喜地望着他们被海风吹黑的面孔。
几天后，崭新的“蓝鸥”号驶到了海鸥岛。原来，一位船长发现它躲在维斯岛附近，立即用无线电向军事机关报告。接着，一艘驱逐舰紧急出动，几小时后就在公海上拦住了走私犯们的去路，把他们全部抓获，押上了驱逐舰。
孩子们登上自己的“蓝鸥”号，满满地捕了一船鱼。伊沃站在甲板上，望着蓝天白云，他想：父亲的夙愿终于实现了。我们要好好干下去。大海将把财富献给每一个勤劳、勇敢的人……
伊沃的父亲一心想带领渔民们摆脱贫困，不料乡亲们的血汗钱却被歹人骗去了。朴实的渔民们不再相信他，甚至仇视他，使得他至死都带着愧疚，也最终未被原谅。
勇敢的伊沃一心想替父亲完成心愿，与伙伴们冒险远航中遭遇匪帮，遇见本质不坏的匪徒安捷，此后，命运的齿轮将安捷和伊沃紧紧连在一起。良心发现的安捷教授孩子们航海知识，并且在与匪徒周旋的过程中，与孩子们建立了深厚的情谊。安捷的离世让孩子们变得更加坚强，他们迅速成长了起来，继续与匪帮斗智斗勇。最终正义战胜了邪恶，匪徒受到应有的惩罚！
伊沃替父亲了却了夙愿，而航向海洋深处的“蓝鸥”号，亦会成为我们心中勇敢和善良的象征。
